方以智一生正當(dāng)明清交替之際，時(shí)局動(dòng)蕩，政權(quán)更迭頻頻，使得他個(gè)人的際遇也十分坎坷。一生可分三個(gè)時(shí)期。早期從青年時(shí)代到三十三歲，由于仰仗祖上的余蔭，尚能過(guò)著“衣紈縠，飾騶騎，鳴笳疊吹，閑雅甚都”的富貴文人的生活。中期自甲申從北京逃返南都，又經(jīng)浙江，福建到兩廣，從三十四歲到四十二歲，艱苦的十幾年流亡在他的思想上打下了深刻的烙印。晚年從順治九年（1652年）北歸，到康熙十年（1671年）六十一歲時(shí)，病歿于贛江上萬(wàn)安城外的惶恐灘。這時(shí)期潛心學(xué)術(shù)，寫出了大量理論著作。在對(duì)現(xiàn)實(shí)失望后，放棄了少年時(shí)的經(jīng)世抱負(fù)，出家后，雖然看似逍遙法外，但仍不忘救世，講學(xué)宏道，交朋納友。

早期
　　從青年時(shí)代到崇禎十七年（1644年）
　　方以智青年時(shí)代活動(dòng)地點(diǎn)主要是南京和桐城，也間或經(jīng)過(guò)江浙各地，最后去北京。
　　桐城澤社的活動(dòng)。當(dāng)崇禎初年，方以智在他父親所建的城郊澤園中，成立“澤社”。社中有方的堂叔方文（字爾止），妹夫?qū)O臨（字克咸），以及錢秉鐙（又名澄之），周岐（字農(nóng)父）等人。方或賦詩(shī)作文，或讀 經(jīng)、史，又關(guān)心“萬(wàn)物之理”，隨時(shí)札記，積累了豐富知識(shí)，奠定了學(xué)術(shù)基礎(chǔ)。方的兩位業(yè)師，一是白瑜（字瑕仲），一是江西金溪人王宣（字化卿，號(hào)虛舟）。當(dāng)時(shí)王已七十余歲，所著《物理學(xué)》對(duì)方以智以后寫作《物理小識(shí)》多有啟發(fā)。澤社中一群有朝氣的青少年，往往慷慨酣歌，論天下大事。方自述說(shuō)?！疤帩蓤@，好悲歌……好言當(dāng)世之務(wù)，言之輒慷慨不能自止?！保ā秾O武公集序》）這個(gè)團(tuán)體與當(dāng)時(shí)東南一帶的會(huì)社一樣，不僅研究文學(xué)，也帶上政治色彩。
　　那時(shí)，桐城阮大鋮，是魏忠賢閹黨的余黨，崇禎初即被列入“逆案”名單。方的同學(xué)錢澄之曾加入阮大鋮退居養(yǎng)晦時(shí)所創(chuàng)建的江社，經(jīng)方以智勸阻后，又退出江社?！跺X田間年譜》崇禎五年（公元1632年）條下記載了這件事：“方密之吳游回，與府君（即錢澄之）言曰：吳下事與朝局相表里，先辨氣類，凡閹黨皆在所擯。吾輩奈何奉為盟主？曷早自異諸！“吳下事”指張溥，張采成立復(fù)社的事?！氨鏆忸悺本褪且智鍠|林、復(fù)社與閹黨的界限。這樣一來(lái)，錢澄之轉(zhuǎn)而參加澤社的文課，凡江社的會(huì)期都辭謝不赴。而作為“鄉(xiāng)先輩”的阮大鋮開始對(duì)方產(chǎn)生仇隙。南都的《留都防亂公揭》
　　崇禎七年（公元1634年），桐城“民變”，方以智移居南京。結(jié)交天下名士有黃宗羲、吳應(yīng)箕、陳貞慧、冒襄、侯方域、顧杲、沈昆銅、陳梁等人。
　　崇禎十年（公元1637年）他們大會(huì)東林黨被害六君子的孤兒周茂蘭、魏學(xué)濂等于桃葉渡。方以智和陳梁曾寫長(zhǎng)詩(shī)紀(jì)事，為東林黨揚(yáng)聲吐氣。這時(shí)阮大鋮寄居南京，談兵說(shuō)劍，聯(lián)絡(luò)各方，希圖再起。
　　崇禎十二年（公元1639年）陳貞慧與吳應(yīng)箕共同起草驅(qū)逐阮大鋮的宣言《留都防亂公揭》。公揭以東林創(chuàng)始人顧憲
　　成之孫顧杲以及黃宗羲為首署名，共計(jì)一百四十人。阮大鋮在千夫所指之下，隱藏到城外牛首山，不敢進(jìn)城。盡管方以智這年春天回桐城，秋后重來(lái)南京應(yīng)試，未曾在揭貼上署名。而阮大鋮聯(lián)系江社往事，仍認(rèn)為公揭出于方以智主謀，因此怨毒更深。清順治二年（公元1645年），弘光在南京即位，阮大鋮夤緣通過(guò)關(guān)系成為兵部尚書，對(duì)大批東林后人以及復(fù)社成員進(jìn)行了報(bào)復(fù)。
　　崇禎十七年（公元1644年）李自成入北京，方以智被起義軍郭營(yíng)所得，不久乘機(jī)逃到南京。這時(shí)阮大鋮當(dāng)權(quán)，修復(fù)舊怨，借口方以智在李自成入京后沒(méi)有“殉節(jié)”，而把方列入“從逆六等”中的第五等，處理方法是“宜徒擬贖”。方以智在南都不能久留，由陳子龍介紹，經(jīng)過(guò)浙江，福建輾轉(zhuǎn)到達(dá)廣州避難，結(jié)束了早年時(shí)代生活。這一時(shí)期中，由于方以智對(duì)經(jīng)、史、百家知識(shí)基礎(chǔ)堅(jiān)實(shí)，“凡天人，禮樂(lè)，律數(shù)，聲音，文字，書畫，醫(yī)藥，下逮琴劍技勇，無(wú)不析其旨趣”（《桐城耆舊傳》卷六）。崇禎十四、十六年已分別開始寫作《通雅》與《物理小識(shí)》。
　　方以智早年沒(méi)有更多的研究哲學(xué)，而主要是寫作詩(shī)、詞和政治論文。他主張“公”和“明”?！锻ㄑ拧肪硎字姓f(shuō)：“治在君、相，人在師教，學(xué)在實(shí)講，公、明而已?！薄吨袖缸h》中又引證了朱熹的“惟公惟明，相道畢矣”。他認(rèn)為“公”就是沒(méi)有偏見，“明”就是“能好能惡”。這與一百年后戴震所強(qiáng)調(diào)的“去私”與“去蔽”的政治主張有相通之處。

中期
　　從明崇禎十七年（1644年）至清順治九年（1652年）在廣州期間
　　方以智改名吳石公，后被南海令姚奇胤（字有仆）所發(fā)現(xiàn)。姚是方的故人和庚辰（公元1640年）考試的同年，他請(qǐng)方為其兒子姚端的老師。在南海令官署，方以智重新整理《通雅》舊稿。又曾寫《錦纏玉》劇本，親教伶人排唱。這時(shí)他寫作的詩(shī)集取名為《瞻旻》。方到粵不久，其夫人潘氏攜第三子方中履經(jīng)福建來(lái)廣州團(tuán)聚。順治三年（公元1646年）桂王朱由榔在肇慶即位監(jiān)國(guó)，任方以智為少詹事，翰林院侍講學(xué)士。由于黨派斗爭(zhēng)，太監(jiān)專權(quán)，他看到事無(wú)可為，堅(jiān)決退隱在湖南廣西交界的苗峒中。永歷多次召他為東閣大學(xué)士，他十次上疏辭退。這些辭疏尚都保存，可以看出他當(dāng)日對(duì)時(shí)局的觀感。他的詩(shī)句“西南更望層云黑，誰(shuí)把新亭淚眼看”！說(shuō)明了他對(duì)永歷朝廷的失望。
　　順治七年（公元1650年）清兵入廣西桂林，瞿式耜與張居正的曾孫張同敞共同守城殉難。方以智去昭平仙回山“披緇為僧”。方中履隨方以智入山“父析子荷，父汲子炊”，過(guò)著饑寒交迫的生活，終于被清兵搜出。清帥馬蛟驎反復(fù)逼降無(wú)效，最后聽任方為僧。方以智于是去梧州，在梧州云蓋寺居住兩年。至順治九年（公元1652年）八月，偕同施閏章（宣城人，號(hào)愚山）至廬山，同年年底回桐城省親。他的哲學(xué)著作《東西均》的開章即寫于到達(dá)廬山之時(shí)。這一階段是方以智一生的轉(zhuǎn)折點(diǎn)，從輕衣肥馬的貴公子到流離轉(zhuǎn)側(cè)的苦行僧，從紅燈綠酒到黃卷青燈，從入世到出世?！锻┏顷扰f傳》的作者馬其昶論方以智說(shuō)?！肮澜苤牛夥昙具\(yùn)，以占畢稱，豈其志哉?！本驮谶@一階段，對(duì)政治和社會(huì)的理想與抱負(fù)無(wú)從實(shí)現(xiàn)，于是全部精力轉(zhuǎn)入著書立說(shuō)的學(xué)術(shù)生活中。在流離中缺乏圖書資料，他自己說(shuō)“作掛一漏萬(wàn)之小說(shuō)家言，豈不悲哉。愚道人今年三十六矣，讀書亦有命”（見《通雅》卷三附記）。然而在這一時(shí)期終于寫成《物理小識(shí)》，《切韻聲原》，《醫(yī)學(xué)會(huì)通》，《刪補(bǔ)本草》等書。

晚期
　　從清順治十年（1653年）至康熙十年（1671年）
　　方以智晚年，從順治十年（公元1653年）算起，這年元旦，回到桐城白鹿湖見到父親方孔炤。他在《象環(huán)寤記》中說(shuō)：“以祗支（袈裟，表示為僧）為退路，即為歸路。”說(shuō)明他在梧州為僧，其實(shí)際目的是為了回鄉(xiāng)。安徽地方官要奏用他時(shí)，他說(shuō)：“匹夫不可奪志，出世人安往（往何處），不得涅盤也？”“祗支”和“涅盤”成為他的遁詞和借口。就在這年，他重去離別十年的金陵，皈依天界寺的覺(jué)浪道盛法師。覺(jué)浪是當(dāng)時(shí)佛教曹洞宗的前輩，曾因文字中稱朱元璋為“太祖高皇帝”被清政府逮捕下獄，后查明系明亡以前所作而釋放。覺(jué)浪的另一門徒嘯峰大然也就是崇禎末年與方孔炤同系詒獄的御史倪嘉慶。方以智“閉關(guān)”于金陵高座寺的看竹軒，潛心寫哲學(xué)著作。作為曹洞宗的一個(gè)法門弟子，佛教對(duì)他有一定影響。另一方面，出家又只是與環(huán)境作斗爭(zhēng)的一種手段。